黔东南州民族医药研究院（2012年研究所改为研究院）成立于1984年4月，现建有黔东南州苗族侗族药物标本馆，公益性二级甲等苗医医院，苗侗药物研究实验室及医院制剂室，是集苗族侗族医药基础及应用研究、临床、开发、教学培训为一体的事业单位。
    是国家自然科学基金依托单位、第二批国家级非物质文化遗产名录苗医药侗医药项目省级保护单位、全国科普教育基地、贵州省科普教育基地、省级非物质文化遗产生产性保护基地、黔东南州青少年科技教育基地、黔东南州非物质文化遗产生产性保护基地、黔东南州非物质文化遗产保护传承教育示范基地”。
    其附属苗医医院，是国家中医院管理局第二批重点民族医医院建设单位（2015年通过评审），是目前国内唯一的公立、公益的“二甲”苗医医院（2023年通过“二甲”复审）。医院设有省级重点专科针灸科、风湿病科、州级重点专科皮肤病科，老年病科、脾胃病科、民医堂、治未病科等科室，开设病床105张。坚持“以人为本”，发挥苗族侗族医药的治疗优势及苗侗医药与中西医结合的治疗优势，为伤病员服务，为提高苗侗医药的临床水平、科学水平、为适应人们增长的民族医药需求服务，获得社会和伤病员的好评。2013年治未病•康复科被评为国家中医药管理局“中医院预防保健及康复服务能力”项目建设单位。2017年，我院申请了两项民族医新增医疗服务项目，2018年5月，被列为苗医诊疗项目省内试点医疗机构。
    医院有针灸科、皮肤科、风湿病科、治未病科等重点学科，针灸科优势病种3个，分别是颈椎病、腰椎退行性变、膝关节炎，使用本科中西医结合治疗效果显著，有效率95%，皮肤科致力于运用中医、民族医独特诊疗优势，结合西医治疗各类疑难皮肤病及皮肤美容，中医非药物治疗收入达62.5%。风湿病科运用传统中医药、民族医药独特优势结合现代诊疗设备治疗类风湿性关节炎、风湿性关节炎、脊柱关节病、骨关节炎、强直性脊柱炎、高尿酸血症、痛风、纤维肌痛综合征、关节滑膜增生性疾病等。治未病科2014年经国家中管局省中管局审核被评定为国家“中医药预防保健与康复服务能力建设项目”试点。主要服务对象为亚健康人群和慢病患者，发挥中医药、民族医药特色优势，配置有中医五指经络检测仪，开展了特色医疗技术项目20余种。
    医院将坚持“以病人为中心，全心全意为人民健康服务”的宗旨，发挥苗族侗族医药的治疗优势及苗侗医药与中西医结合的治疗优势，为伤病员服务，为提高苗医侗药的临床水平、科学水平、为适应人们增长的民族医药需求服务，得到了社会的认可和病员的好评，取得了较好的社会效益和理想的经济效益。在当前全国的开展苗族侗族医药研究传承的同行中，黔东南州的苗医药侗医药事业的发展工作上了一个新的台阶。苗医药侗医药医疗服务和文化传播取得了较好的社会效益及理想的经济效益，为黔东南州、贵州省在国内赢得了苗医药侗医药的话语权做出了贡献。

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